首先，表明对这个问题的态度以及个人的能力：
1、这个问题实在是太太大了好么？美国或者日本或者中国的保护知识产权的制度都可以写十本博士论文好吧？所以题主这样提问的话可能会得到很多不同的答案。
2、我个人学些过一些美国知识产权诉讼的知识，现在在干的工作是中国的知识产权诉讼，所以我的能力是：回答美国和中国通过行政执法和诉讼制度来保护知识产权的异同。
其次，回答问题。
1、解题。
题主问的“保护知识产权的制度“，保护知识产权的制度有很多，包括：
A．
国家行政机关授予个人的知识产权，就是国家授予了个人在某一方面某些范围内的垄断权利，这个过程具体的就是
个人申请商标、专利的申请，申请到了，就表明个人在某一范围内享有了获得国家制度保护的权利，如果一个国家没有知识产权，就根本没有保护，在这点上，中、美、日都毫无疑问的有知识产权制度，就不用讨论了；
B．
行政保护。中、美、日都有不同，碍于能力问题，我在下文只回答中美行政保护。
C．
司法保护。这是保护方式的重中之重。下文详谈，但也只限于中美，日本我实在是不知。
2、具体谈。
A. 行政保护：包括工商局行政执法保护、海关行政执法和专利局行政执法保护。
（a） 中国工商局有行政执法权，可以对市场上卖侵害商标权、侵害专利权的卖家进行行政处罚，主要目的是维持市场的正常竞争秩序；
美国有没有类似工商局这样的行政机构我并不知晓，望高人解答。
（b） 中国的海关行政执法保护主要是针对进出口货物侵害知识产权的行为，对已经在海关总署备案的商标、专利等知识产权所涉及的货物进行查验，以保证出口或者进口的货物不侵犯知识产权，如果真查到可能侵害知识产权的货物，海关是不允许进出口的。（具体程序详见《中华人民共和国知识产权海关保护条例》）
美国的海关办同样的事情，但是仅限于侵害美国商标或者版权的商品。
（c） 美国的国际贸易委员会（简称ITC）保护。
这绝对是美国特色，这是既反倾销、发补贴、反垄断之后美国设计出的又一保护本国知识产权的具有行政执法和司法双重制度特色的制度。
ITC的保护针对专利权、注册商标、著作权、集成电路布图设计等知识产权，与美国海关想必，ITC管的范围更宽。
ITC受理美国国内申请人的起诉后，会成立一个调查委员会，调查进口的美国货物是否会侵害到美国国民的知识产权，（中间详细程序略去一万字，包括discovery、markman听证程序等，类似美国诉讼程序），如果结果是进口的货物会侵害到美国国民的知识产权，那么ITC会发排除令，排除包括上下游产品在内一切货物的进口（言下之意就是这个行当就不允许你在美国干了！！）。
如果，你是进口商，在拿到美国的这个排除令后，可以向美国联邦巡回上诉法院上诉，由此，进入了美国的诉讼程序。
所以，（c）这个行政保护程序，中国是没有的，中国还是原始的工商局行政执法保护和海关进出口保护！
（d）专利行政机关保护
这是中国《专利法》第三次修改新赋予的专利行政局的执法权，美国没有相似的执法权，但是中国专利行政机关的这个执法权究竟有没有用过，反正我没有见过，见过的高人请指点。
B、司法保护，即诉讼保护。
（a）在中国，关于知识产权的诉讼有权属和侵权诉讼两种。
权属诉讼除了两个人争夺某一知识产权的归属的诉讼外，更多的是在商标评审委员会和专利复审委的驳回申请后，申请人不服，到北京一中院起诉的确权诉讼。
侵权诉讼那是在全中国各地各级法院都有出现的诉讼，也是数量最多的诉讼。这类诉讼主要是按照一般民事诉讼的各种程序进行：起诉——确定管辖——开庭审理——执行。
在确定管辖上，一般还是沿用普通民事诉讼的原则（包括一般管辖原则和级别管辖原则），没有关于知识产权诉讼的特别的管辖规定，新成立的北京和广州的知识产权法院的管辖可以算做是民诉法上的特别管辖的规定，但是具体的细则还是没有出来。
另，中国侵权赔偿额的算法主要就是法条规定的那三种，有兴趣的自己看，这篇文章中的专利侵权赔偿额的算法是一个很好的思路，值得看看：http://wenku.baidu.com/link?url=9Vkp81-bQitMTOTq6pNiJiQnvdCcwKW2wzmzCxmdKZzZWVZOEQ75XzlceDq9VpwfF3rVE_Zrbwz3R5ZfvyL5Kw16T2Y8n_PA2tovcaMyto7
（b）在美国，法院在审理侵权诉讼的过程中是可以直接判定知识产权是否有效的，而中国的则必须中止侵权案件，待确权诉讼得出权属的结果后，才来判定是否侵权。这是一个重大区别！
美国法院的知识产权诉讼有自己的管辖原则，比如我国法院很少用的“最适宜管辖原则”在美国的知产诉讼中非常常用，大家都喜欢把案件弄到加州西区法院和德州东区法院，因为这两个地方有大量的互联网公司和科技公司，法院审理很多这样的案件，很有经验。
美国的侵权赔偿额的计算方法已经发展得非常完善，直接使用的便是引入专家证人来计算应该陪多少，所以在诉讼中律师交叉询问会出现很多数学公式，这些都是专家证人为论证专利赔偿额所建立的模型（可惜美帝的律政剧从来不演这些）；美国比较常使用的侵权赔偿计算方法是整体市场价值法（此法是基于许可费率、许可合同来计算的）。
（c）在中国，鉴定结论对侵权诉讼结果有直接而重大的意义；在美国，专家证据制度用得很多，这与中国法官纠问制度和美国的陪审团制度息息相关。
（d）在中国，知产侵权诉讼的商业化维权很流行，讲究“薄利多销”，在美国知识产权诉讼几乎都需要一个团队，讲究“专业化、高端化”，这也是一个重大区别！
内容实在太多，我尽量系统的摆出来，但是还是觉得只说清楚了一点点。
（待续未完……）
参考资料：
中国的：各种知识产权法教科书、中国国家知识产权局网站上的内容等，海关总署官网等；
美国的：《美国国际贸易委员会专利诉讼手册》（美富律所编写，知识产权出版社出版）等，
最后，特别推荐湾湾“经济部智慧财产局”官网上贴出的由其组织撰写的《全球专利诉讼分析》，600多页，通过调研湾湾企业遭遇的各国诉讼，总结出各国诉讼的特点，提出对策，良心资料呀！（需要的在评论中留邮箱。）注：该资料的阅读需要一定的法律基础。
Ps，湾湾的“经济部智慧财产局”官网需要翻墙，但内容相当丰富，而且是中文资料，比大费周章地找各国各种官网的英文版，再研读法律英语好多了吧？！
来源：知乎 www.zhihu.com
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