目前培育的转基因作物一般是纯种，是可以留种的，但如果和杂交技术合用，也就不能留种了。可见，能否留种和是否杂交有关系，和是否转基因没有关系。
在华北，农民种的最多的是小麦和玉米。小麦的多是纯种，自家打的麦子还可以继续种，不必年年买种子。但这样反复种，小麦也会退化，产量越来越低，所以过个三五年还是得买种子。如果想要高产稳产，就得年年都买新种子。玉米则是杂交的，每年都必须买种子。去年打的种子，今年再种就会长得参差不齐，产量很低。那么，农民为什么不种纯种的玉米，而甘愿买杂交种子呢？因为杂交玉米产量很高，即使扣除了买种子的钱，仍然比种纯种玉米合算。可见，作物是否能留种不是关键，总账算下来合算才是关键。相信每一个脑子正常的人都能明白。除了玉米，很多蔬菜，如白菜也是年年买种子。只要产量高，谁介意买种子呢？
而且选种、留种本身也增加劳动量，其中不可控的风险也比较大；自己打的种子种草籽的含量也更高，所以随着社会分工的细化，农民更倾向于年年买种子，而不是自己留种。这和大家都直接买衣服，而不再自家纺线织布是一个道理。
如今，一些别有用心的人造谣转基因作物不能留种，是种子公司控制农民的手段，甚至是外国公司控制中国粮食生产的手段。然后一些四体不勤、五谷不分的人就相信了，浑然不知道我们已经种了千百年的杂交水果和几十年的杂交玉米和杂交水稻了。于是他们便义愤填膺地控诉起了万恶的外国公司和研究转基因的中国“汉奸”（其实是科学家），倒好像他们多关心农民的利益似的，全忘了刚才还在大骂偷种转基因作物的农民。
更离奇的是，袁隆平院士是以研究杂交水稻著称的，他老人家的杂交水稻向来就不能留种。可是反转控对此事只字不提，反而把不能留种扣在转基因头上，并且抬出袁老作为反对转基因的招牌——这是多么的荒唐啊。
最后总结一下：①转基因和能否留种没有关系（当然用转基因技术可以实现不能留种，但我国科学家都没有研制这样的品种）。
②不能留种是杂交品种的特征。
③不能留种并不是坏事，只要总体合算，农民并不介意自己买种子。杂交水稻解决了东亚和东南亚无数人的温饱问题，怎么可能是坏事？
④不能留种也不是种子公司控制农民的手段。你觉得稻农被袁隆平们控制了吗？如果商品好，人们自然愿意买；如果不好，人们会买其他商品。哪有商品不好还控制住消费者非卖不可？难道种子公司是村霸，可以对农民强买强卖吗？如果转基因种子像反转控说的那么不堪，那么农民还会用吗？请不要侮辱农民的智商。再说你家吃的米面油盐，用的冰箱空调电视手机哪一个能留种了？还不是这次用完下次再买？你被超市控制了吗？